Idea asal penubuhan BPP-MIS telah bermula pada tahun 2007 oleh Ketua Menteri Sarawak pada ketika itu iaitu Tuan Yang Terutama Tun Pehin Sri Haji Abdul Taib Mahmud. Beliau berharap agar MIS dapat membantu dalam memenuhi keperluan pendidikan masyarakat Islam dan menjadikan institusi masjid di seluruh negeri Sarawak sebagai nadi pembangunan ummah.
Bagi mengenal pasti keperluan ummah, Bengkel Bina Upaya Ummah (BBUU 2007) yang pertama telah diadakan dengan bantuan Jabatan Agama Islam Sarawak (JAIS Sarawak) pada 13 – 14 Disember 2007 bagi mengenal pasti keperluan dan masalah yang dihadapi ummah serta menggariskan bidang, strategi dan pendekatan kepada penyelesaiannya. Hasilnya, sembilan (9) bidang bina upaya telah dirumuskan daripada bengkel tersebut dan tiga (3) daripadanya dijadikan fokus pelbagai inisiatif pendidikan yang diusahakan oleh BPP-MIS.